WordPress 2,8 поддерживает вложенные (древововидные) комментарии. Баг заключается в следующем — после каждого комментария вставляется пустой <div class=»reply»></div> и на странице всегда подгружается скрипт http://site/wp-includes/js/comment-reply.js?ver=20090102 при отключенных в админке древовидных комментариях.  Я так понимаю это все лишнее при отключенной галочке в админке wordpress.